המוזיאון הימי הלאומי מוקדש לתולדות הספנות ולתיעוד הקשר בין האדם לים באזורנו, מימי התרבויות הקדומות ועד היום. במוזיאון מודגש הקשר המתמשך של ארץ ישראל והיהודים עם הים. תצוגת המוזיאון משקפת 5,000 שנות היסטוריה ימית. ראשיתו של המוזיאון בשנת ,1953 באוסף הפרטי של אריה בן-אלי , מייסדו ומנהלו הראשון של המוזיאון. המוזיאון הוקם בבית יורדי הים ברחוב הנמל וכיום שוכן במבנה רחב ידיים ברחוב אלנבי. בקומת הכניסה אולם לתצוגות מתחלפות, אודיטוריום, ספרייה וחדרי מחקר. תצוגת הקבע ערוכה בשתי קומות, מעל ומתחת לקומת הכניסה, והיא ערוכה על פי סדר התקופות ומחולקת למדורים המציינים את הקשר של האדם לים במרוצת הדורות. התצוגה מוקדשת לנושאים הבאים: ארכיאולוגיה תת ימית, אמנות ימית, מיתולוגיה ימית, עוגנים עתיקים, מטבעות יווניים-רומיים, דגים ודולפינים, מכשירים מדעיים, מפות, ספנות מודרנית וקרבות ים. אחד האלמנטים המרשימים בתצוגה הוא דגמי האניות המרשימים. מלבד תערוכות הקבע מוצגות במוזיאון תערוכות מתחלפות מאוספי המוזיאון ותערוכות של אמנים ישראליים ובינלאומיים בנושאי ים.
