מאבק העלייה לארץ ישראל בשנים 1948-1934 וסיפורי המעפילים והיישוב נפרשים במסמכים היסטוריים, קטעי עיתונות, צילומים, דגמים אור קוליים וסרטים.
במפת נתיבי ההעפלה ממוחשבת אפשר לעקוב אחר דרכן של האוניות ולחזות בסיפוריהן.
אוניית ההעפלה היא מוצג חשוב במוזיאון, ובה חזיון אור קולי. השטח שמתחת לאונייה מספר את סיפור המאבק בבריטים ומתאר את חיי המעפילים במחנות המעצר בקפריסין.
במוצגים הבולטים:
קטע מהצופן של פטרייה – אוניית מעפילים שהוטבעה בפתח נמל חיפה. לתולדות חיל הים מוקדש חלק נכבד כיוון ששורשיו נטועים במפעל ההעפלה. בחצר הכניסה למוזיאון מתנשא גשר הצוללת דקר, שנימשה בעומק של 3,000 מ' מתחת למקום טביעתה. באולם המבואה כמה מוצגים רבי חשיבות, בהם דגם האונייה אקסודוס.
